Die erste Erwähnung einer Georgskirche erfolgte 1256, als Gräfin Adelheid von Tirol ein Fuder Wein von einem Weingut zu St. Georgen am Rain an das Kloster Herrenchiemsee stiftete. Sie war damals eine Expositur der Pfarrkirche St. Vigil in Mais.

1272 wurde die gesamte Pfarre von den Tiroler Grafen dem Kloster Stams als Stiftungsgut übertragen, was zu laufenden Auseinandersetzungen zwischen den Tiroler Grafen und dem Erzbistum Trient führte.

Die ehemals romanische Kirche wurde in einen gotischen Bau umgewandelt, der 1490 geweiht wurde.

Das bis dahin nicht sonderlich bedeutende Kirchlein erfuhr um 1620 eine Aufwertung, als Johann Eckhardt von Rosenberg, Herr zu Winkl und Knillenberg, seine Familiengrabstätte hier anlegte und dazu das linke Seitenschiff anbauen ließ.

Im 18. Jahrhundert wurde die Kirche, dem Zeitgeschmack entsprechend, verändert, indem die gotischen Gewölberippen entfernt und das Gebäude barockisiert wurden.

Kirchenrechtlich wurde die der Pfarre Mais unterstehende Filialkirche 1734 zu einer Kaplanei mit eigenem Kaplan erhoben.

1895 wurde sie eine Kuratie mit eigenem Priester.

Die heutige Gestalt erhielt die Kirche 1914, als das Haupt- und Seitenschiff um ein Joch verlängert und das rechte Seitenschiff angebaut wurden.

1933 übernahmen die Franziskaner die Seelsorge.

Seit 1970 fanden umfangreiche Renovierungsarbeiten an der Kirche statt.

Im Jahre 1969 wurde schließlich die eigene Pfarre Obermais geschaffen, mit der Georgenkirche als Pfarrkirche.

Seit 1985 wird diese durch Diözesanpriester betreut.